通常情況下，衡量醫學論文水平的首要條件就是科學性。也就是在評價醫學論文時，一般主要看科研設計是否嚴密合理，方法是否正確，資料是否完整可靠，依據是否準確并符合統計學要求，結果是否科學嚴謹，結論是否妥當并有充分依據等。因此，為了保證醫學論文的科學性，在寫作時遵從“三嚴”和“五個體現”的原則。
　　所謂的“三嚴”，是指堅持嚴肅的態度、堅持嚴謹的學風和堅持嚴密的方法。
　　1.堅持嚴肅的態度，也就是要求作者在寫作醫學論文時，應當端正思想，嚴肅認真對待科學，既不能夸大其詞，也不摻雜水份。
　　2.堅持嚴謹的學風，也就是要求作者凝聚精神動力、態度作風，不能心浮氣躁。如果心思沉入不到所從事的研究當中去，或者被他人的議論輕易改變自己的觀點等，那么均難以寫出高水平的論文。
　　3.堅持嚴密的方法，也就是要求每一項實驗或者臨床觀察，均應有嚴密的計劃和步驟，在應用嚴密的操作和相關的程序當中，更不允許隨意更改自己的科研設計和論證。
　　所謂的“五個體現”，是指體現真實性、體現再現性、體現準確性、體現邏輯性和體現公開性。
　　1.體現真實性，要求醫學論文取材必須可靠，有原始資料和記錄，實驗結果務必忠于事實和主題，無夸大之處，更不能因實驗數據與設計有出入而輕易改變程序和操作方法。就算是實驗失敗了，只要找出失敗的原因，同樣可以總結出有價值的論文，同樣也可以發表。
　　2.體現再現性，要求醫學論文報道臨床或實驗觀察所得出的結論，其所采用的實驗對象、實驗方法、實驗器材和實驗步驟，以及得出的結果，都必須經得起他人在任何時間、任何地點、相同條件下的重復，并能得出相同的結果。
　　3.體現準確性，要求醫學論文中的數據必須是準確的，應當經過多次反復探討，特別是對于統計學處理。此外，醫學論文中參考文獻的引用也一定要準確，必須是作者閱讀的文獻資料，而且引文用詞必須規范，術語必須準確。同樣，作者在論文中推導出來的結論必須合乎邏輯，表達準確。
　　4.體現邏輯性，要求作者寫作的醫學論文，應當結構嚴謹，層次清楚，概念明確，判斷恰當，推理合乎邏輯。不能概念不清，判斷不當，更不能證據不足，論證不力，導致觀點不明。由于各期刊對論文的格式要求不盡相同，所以作者在寫作前應當參閱擬投期刊的投稿須知或稿約。
　　5.體現公開性，要求醫學論文的作者要客觀真實地評價自己和他人的研究成果，切忌片面性和說過頭話。對臨床實驗結果要如實所映，不能任意取舍，不摒棄偶然現象。
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